(1)提出申請和對專利申請的形式審查
申請人可以英、法、德三種官方語言之一向EPO提出申請。
(2)檢索請求及檢索報告的公布
在提交申請時必須提出檢索請求及繳納檢索費。對于主張外國優(yōu)先權(quán)的申請，大約1年內(nèi)可收到檢索報告。
自2005年7月1日起， EPO出具“擴展的歐洲檢索報告”(extended European search report，EESR)，在報告中附加一份對該申請可專利性的初步意見書。該檢索報告可幫助申請人預估授權(quán)前景，便于其適時作出修改或撤回申請案的決定。
(3)公布專利申請
對于通過《巴黎公約》途徑提出的歐洲專利申請，EPO將于自優(yōu)先權(quán)日起18個月內(nèi)公布專利申請。
對于通過PCT途徑提出的歐洲專利申請，如果PCT公開的語言不屬于EPO規(guī)定的官方語言，則該申請將以所提交的歐洲專利申請的語言公開。如果PCT公開的語言已屬于EPO規(guī)定的官方語言，則該申請不需重復公開。
(4)提出實質(zhì)性審查請求
對于通過《巴黎公約》途徑提出的歐洲專利申請，申請人應在EPO檢索報告公布日起6個月內(nèi)提出實質(zhì)審查請求，同時需從EPC締約國中指定具體成員國，并交納審查費和指定費。
對于通過PCT途徑提出的歐洲專利申請，申請人應在提交歐洲專利申請的同時提出實質(zhì)審查請求，同時需從EPC締約國中指定具體成員國，并繳納審查費和指定費。如果繳納7份指定費，EPC的全部締約國都可被指定。但延伸國的指定費需單獨交納。
(5)實質(zhì)性審查
在提出實質(zhì)審查請求后進入實審程序，申請人通常在提出實審請求后1-3年內(nèi)收到EPO的審查意見。對于每一份申請文件，實質(zhì)審查部門中相關(guān)領(lǐng)域的審查員將組成三人審查小組，該小組由第一審查員、第二審查員和組長組成。第一審查員主要負責分析申請文件，撰寫審查意見通知書，分析申請人的意見陳述和對申請文件所做的修改，建議授權(quán)或決定駁回。第二審查員主要負責檢查第一審查員提出的授權(quán)或駁回的建議，檢驗將被授權(quán)的最終文本的形式是否正確，同意授權(quán)或駁回，或者將申請文件連同本人的意見一并返回給第一審查員。組長的主要職責和工作內(nèi)容為檢查第一審查員做出授權(quán)或駁回建議的法律依據(jù)和技術(shù)方面的理由，對申請文件的最終文本做詳細檢查，同意授權(quán)或駁回，或者將申請文件連同本人意見一并返回給第一審查員。
(6)授權(quán)、駁回和異議
經(jīng)上述審查后，如果至少兩名成員認為該申請符合EPC的要求，則該申請可被授權(quán)。申請人選擇同意授權(quán)文本并允許本申請進入授權(quán)程序，或?qū)ξ谋净驒?quán)利要求做一定的修改，同時付授權(quán)費并遞交權(quán)利要求的其他兩個語種的翻譯譯文。另外，需查詢是否已經(jīng)提交優(yōu)先權(quán)證明文件的譯文。上述工作完成后，歐洲專利被正式授權(quán)并發(fā)出授權(quán)證書。
如果三人小組考慮駁回該申請，則需告知申請人該申請將被駁回。在答復審查意見時，申請人通常是根據(jù)審查員的意見進行辯駁或修改申請文件，也可要求啟動口頭聽審程序，進行面對面的意見陳述。如果審查小組中至少兩個成員仍然未被說服，則該申請將被駁回。
授權(quán)決定做出后，異議期為自授權(quán)公告日起9個月。異議審查小組由三人組成，其中只有一人是原審查員。在歐洲專利被授權(quán)后，除專利權(quán)人以外的任何人可提出異議。
在歐洲專利申請程序中，申請人可對受理處、審查部、異議部或法律部所作出的決定提出上訴。此外，在歐洲專利的授權(quán)公告日起9個月后，由生效國的專利局自行處理無效請求。
(7)生效
一般在收到授權(quán)通知后，申請人就必須決定在指定國名單中選擇生效國。根據(jù)各生效國的規(guī)定，通常都需要將專利的全部內(nèi)容翻譯成該國的語言，并提交給該生效國。歐洲專利組織成員國需在授權(quán)公告起3個月內(nèi)完成翻譯工作并在各國生效。如果申請人未在期限內(nèi)提交譯文，則喪失在該國的專利權(quán)。
(8)維持
完成在不同國家生效的工作后，申請人則擁有不同國家的專利，他們相互獨立，每一件都需繳納年費。