中藥專利保護與中藥品種保護的目的都是對中藥技術成果給予合法性的保護，以促進中藥事業(yè)的發(fā)展，在這一點上二者是統(tǒng)一的，現(xiàn)就二者的區(qū)別介紹如下： 1.兩者保護的法律效力不同：專利保護的法律依托是《中華人民共和國專利法》，屬于全國人大常委會正式通過的國家法律，其保護方式是由專利局授予專利保護范圍，通過訴訟程序由法院判定是否侵權，并由法院執(zhí)行對侵權者的制裁；中藥品種保護的依據(jù)是國務院制定的《中藥品種保護條例》，屬于國家法規(guī)，其保護方式是由國家衛(wèi)生行政部門監(jiān)督管理（現(xiàn)已改由國家藥品監(jiān)督管理局，以下同），采取行政保護措施。在法律效力上前者大于后者。也就是說，根據(jù)法律與法規(guī)矛盾時，法規(guī)服從于法律的原則，對同一種中藥品種，如果兩者保護的權益人出現(xiàn)不同時，在法律效力上后者服從于前者。鑒于此原因，《中藥品種保護條例》第二條第二款規(guī)定：“申請專利的中藥品種，依照專利法的規(guī)定辦理，不適用本條例”。 2.被保護者的權利性質(zhì)不同：專利權屬于知識產(chǎn)權的范疇。所謂知識產(chǎn)權是國際上廣泛承認的一種特殊的、無形的財產(chǎn)所有權，包括工業(yè)產(chǎn)權和版權，工業(yè)產(chǎn)權又包括專利權和商標所有權。知識產(chǎn)權在法律概念上具有專有權和財產(chǎn)權的特征。專利保護就是通過對專利申請人授予專利權的形式給予保護，專利權人享有該專利技術的獨占權，即專利權人有獨占使用其專利權的權利，并有限制或許可他人使用其專利權的權利。也說是說，決定是自己獨家生產(chǎn)其專利藥品，還是許可其他廠家生產(chǎn)以及許可其他幾家生產(chǎn)的權利人是專利權人自身，如果未經(jīng)專利權人許可而使用其專利技術構成侵權行為，專利權人有權制止侵權行為，并有權要求侵權者賠償其經(jīng)濟損失；而中藥品種保護屬于對特定生產(chǎn)企業(yè)所生產(chǎn)中藥品種的一種行政保護措施，不具有法律上的專有權和財產(chǎn)權特征，即對于中藥品種保護來說，同一保護品種受益人不只是一家，它可以同時是兩家以上的生產(chǎn)企業(yè)，決定保護幾家生產(chǎn)企業(yè)同時生產(chǎn)同一產(chǎn)品的權利人不是《中藥保護品種證書》的持有者，也就是說，《中藥保護品種證書》持有者的權利是非獨占性的，并且，對擅自仿制中藥保護品種的處罰權歸衛(wèi)生行政部門所有，《中藥保護品種證書》持有者不具有要求賠償其經(jīng)濟損失的權利。專利權由于具有財產(chǎn)權的特性，與普通財產(chǎn)所有權人一樣，專利權人有權決定他所擁有的專利權的命運，諸如轉讓、贈與、放棄等，這就是財產(chǎn)所有權人在法律概念上的處分權。因此專利權可以進入商品流通領域進行自由買賣，專利權人有權決定是否通過部分或全部轉讓，獲得經(jīng)濟利益；而《中藥保護品種證書》持有者的權利是不能自由進入商品流通領域進行買賣和轉讓的，只有對臨床用藥緊缺的中藥保護品種，根據(jù)國家中藥生產(chǎn)經(jīng)營主管部門提出的仿制建議，經(jīng)國務院衛(wèi)生行政部門批準，《中藥保護品種證書》持有者才可以收取合理的使用費，并且其使用費數(shù)額雙方協(xié)商不能達成協(xié)議時，由衛(wèi)生行政部門裁決。也就是說，《中藥保護品種證書》持有者對這種使用費的收取是有條件的、非自主性的。 3.兩者保護的客體范圍不同：專利保護的客體包括了中藥復方、單方制劑，中藥提取物及其制劑，中藥的制備方法或加工工藝，中藥的新用途，而且，專利保護的藥物產(chǎn)品可以是正式批準的藥物品種，也可以是正在研制中的未上市的藥物；中藥品種保護的客體只是列入國家藥品標準和國務院衛(wèi)生行政部門認定的列入省、自治區(qū)、直轄市藥品標準的藥物產(chǎn)品。（《中藥品種條例》第二條規(guī)定“本條例適用于中國境內(nèi)生產(chǎn)制造的中藥品種，包括中成藥、天然藥物的提取物及其制劑和中藥人工制成品?！保?4.兩者保護的期限不同：藥品專利保護的期限統(tǒng)一為二十年；中藥品保護的期限不是統(tǒng)一的，中藥一級保護品種分別為三十年、二十年、十年，中藥二級保護品種為七年。