中藥專利保護(hù)與中藥品種保護(hù)的目的都是對中藥技術(shù)成果給予合法性的保護(hù)，以促進(jìn)中藥事業(yè)的發(fā)展，在這一點(diǎn)上二者是統(tǒng)一的，現(xiàn)就二者的區(qū)別介紹如下： 1.兩者保護(hù)的法律效力不同：專利保護(hù)的法律依托是《中華人民共和國專利法》，屬于全國人大常委會正式通過的國家法律，其保護(hù)方式是由專利局授予專利保護(hù)范圍，通過訴訟程序由法院判定是否侵權(quán)，并由法院執(zhí)行對侵權(quán)者的制裁；中藥品種保護(hù)的依據(jù)是國務(wù)院制定的《中藥品種保護(hù)條例》，屬于國家法規(guī)，其保護(hù)方式是由國家衛(wèi)生行政部門監(jiān)督管理（現(xiàn)已改由國家藥品監(jiān)督管理局，以下同），采取行政保護(hù)措施。在法律效力上前者大于后者。也就是說，根據(jù)法律與法規(guī)矛盾時，法規(guī)服從于法律的原則，對同一種中藥品種，如果兩者保護(hù)的權(quán)益人出現(xiàn)不同時，在法律效力上后者服從于前者。鑒于此原因，《中藥品種保護(hù)條例》第二條第二款規(guī)定：“申請專利的中藥品種，依照專利法的規(guī)定辦理，不適用本條例”。 2.被保護(hù)者的權(quán)利性質(zhì)不同：專利權(quán)屬于知識產(chǎn)權(quán)的范疇。所謂知識產(chǎn)權(quán)是國際上廣泛承認(rèn)的一種特殊的、無形的財(cái)產(chǎn)所有權(quán)，包括工業(yè)產(chǎn)權(quán)和版權(quán)，工業(yè)產(chǎn)權(quán)又包括專利權(quán)和商標(biāo)所有權(quán)。知識產(chǎn)權(quán)在法律概念上具有專有權(quán)和財(cái)產(chǎn)權(quán)的特征。專利保護(hù)就是通過對專利申請人授予專利權(quán)的形式給予保護(hù)，專利權(quán)人享有該專利技術(shù)的獨(dú)占權(quán)，即專利權(quán)人有獨(dú)占使用其專利權(quán)的權(quán)利，并有限制或許可他人使用其專利權(quán)的權(quán)利。也說是說，決定是自己獨(dú)家生產(chǎn)其專利藥品，還是許可其他廠家生產(chǎn)以及許可其他幾家生產(chǎn)的權(quán)利人是專利權(quán)人自身，如果未經(jīng)專利權(quán)人許可而使用其專利技術(shù)構(gòu)成侵權(quán)行為，專利權(quán)人有權(quán)制止侵權(quán)行為，并有權(quán)要求侵權(quán)者賠償其經(jīng)濟(jì)損失；而中藥品種保護(hù)屬于對特定生產(chǎn)企業(yè)所生產(chǎn)中藥品種的一種行政保護(hù)措施，不具有法律上的專有權(quán)和財(cái)產(chǎn)權(quán)特征，即對于中藥品種保護(hù)來說，同一保護(hù)品種受益人不只是一家，它可以同時是兩家以上的生產(chǎn)企業(yè)，決定保護(hù)幾家生產(chǎn)企業(yè)同時生產(chǎn)同一產(chǎn)品的權(quán)利人不是《中藥保護(hù)品種證書》的持有者，也就是說，《中藥保護(hù)品種證書》持有者的權(quán)利是非獨(dú)占性的，并且，對擅自仿制中藥保護(hù)品種的處罰權(quán)歸衛(wèi)生行政部門所有，《中藥保護(hù)品種證書》持有者不具有要求賠償其經(jīng)濟(jì)損失的權(quán)利。專利權(quán)由于具有財(cái)產(chǎn)權(quán)的特性，與普通財(cái)產(chǎn)所有權(quán)人一樣，專利權(quán)人有權(quán)決定他所擁有的專利權(quán)的命運(yùn)，諸如轉(zhuǎn)讓、贈與、放棄等，這就是財(cái)產(chǎn)所有權(quán)人在法律概念上的處分權(quán)。因此專利權(quán)可以進(jìn)入商品流通領(lǐng)域進(jìn)行自由買賣，專利權(quán)人有權(quán)決定是否通過部分或全部轉(zhuǎn)讓，獲得經(jīng)濟(jì)利益；而《中藥保護(hù)品種證書》持有者的權(quán)利是不能自由進(jìn)入商品流通領(lǐng)域進(jìn)行買賣和轉(zhuǎn)讓的，只有對臨床用藥緊缺的中藥保護(hù)品種，根據(jù)國家中藥生產(chǎn)經(jīng)營主管部門提出的仿制建議，經(jīng)國務(wù)院衛(wèi)生行政部門批準(zhǔn)，《中藥保護(hù)品種證書》持有者才可以收取合理的使用費(fèi)，并且其使用費(fèi)數(shù)額雙方協(xié)商不能達(dá)成協(xié)議時，由衛(wèi)生行政部門裁決。也就是說，《中藥保護(hù)品種證書》持有者對這種使用費(fèi)的收取是有條件的、非自主性的。 3.兩者保護(hù)的客體范圍不同：專利保護(hù)的客體包括了中藥復(fù)方、單方制劑，中藥提取物及其制劑，中藥的制備方法或加工工藝，中藥的新用途，而且，專利保護(hù)的藥物產(chǎn)品可以是正式批準(zhǔn)的藥物品種，也可以是正在研制中的未上市的藥物；中藥品種保護(hù)的客體只是列入國家藥品標(biāo)準(zhǔn)和國務(wù)院衛(wèi)生行政部門認(rèn)定的列入省、自治區(qū)、直轄市藥品標(biāo)準(zhǔn)的藥物產(chǎn)品。（《中藥品種條例》第二條規(guī)定“本條例適用于中國境內(nèi)生產(chǎn)制造的中藥品種，包括中成藥、天然藥物的提取物及其制劑和中藥人工制成品?！保?4.兩者保護(hù)的期限不同：藥品專利保護(hù)的期限統(tǒng)一為二十年；中藥品保護(hù)的期限不是統(tǒng)一的，中藥一級保護(hù)品種分別為三十年、二十年、十年，中藥二級保護(hù)品種為七年。