（1）保護(hù)范圍不同
馬德里商標(biāo)保護(hù)的范圍以申請(qǐng)人指定的國(guó)家為準(zhǔn)。申請(qǐng)人可以指定1個(gè)國(guó)家，也可以指定全部成員國(guó)。但是，每指定一個(gè)國(guó)家，就要承擔(dān)相應(yīng)的費(fèi)用。
歐盟商標(biāo)是無(wú)論你在27個(gè)成員國(guó)之中的哪一個(gè)國(guó)家注冊(cè)商標(biāo)，你的商標(biāo)都將受到這27個(gè)國(guó)家的保護(hù)。
（2）申請(qǐng)人資格限制不同
馬德里商標(biāo)的申請(qǐng)人必須是成員國(guó)的企業(yè)、個(gè)人或其他組織，且必須以原屬國(guó)已申請(qǐng)或注冊(cè)商標(biāo)為基礎(chǔ)商標(biāo)，向世界知識(shí)產(chǎn)權(quán)組織（WIPO）提起申請(qǐng)。
也就是說(shuō)你必須在國(guó)內(nèi)先注冊(cè)好商標(biāo)，然后才能申請(qǐng)馬德里商標(biāo)。歐盟商標(biāo)則沒(méi)有限制，任何人都可以提交申請(qǐng)。
（3）本質(zhì)不同
馬德里商標(biāo)受保護(hù)的國(guó)家或地區(qū)要相對(duì)多一些，一份申請(qǐng)可以指定全部成員國(guó)，且申請(qǐng)費(fèi)用相對(duì)于單一國(guó)家低一些，在全球使用范圍非常廣泛，我們所說(shuō)的“國(guó)際商標(biāo)”指的就是馬德里商標(biāo)。
歐盟注冊(cè)商標(biāo)的保護(hù)范圍僅限于歐盟28國(guó)家，但申請(qǐng)流程較為簡(jiǎn)便且時(shí)間相對(duì)較短。
（4）注冊(cè)時(shí)長(zhǎng)不同
歐盟商標(biāo)：平均8個(gè)月就可以完成注冊(cè)，近期商標(biāo)注冊(cè)時(shí)間已縮短到五個(gè)月。
馬德里商標(biāo)：申請(qǐng)商標(biāo)的注冊(cè)時(shí)長(zhǎng)取決于各國(guó)不同立法規(guī)定，多數(shù)國(guó)家所需時(shí)間可達(dá)18個(gè)月之久。
馬德里注冊(cè)商標(biāo)受保護(hù)地域范圍廣，一份申請(qǐng)可以指定全部成員國(guó)，申請(qǐng)費(fèi)用相對(duì)于單一國(guó)家申請(qǐng)較低，因此在全球使用范圍非常廣泛，以至于通常所說(shuō)的“國(guó)際商標(biāo)”，就是指馬德里商標(biāo)。
歐盟注冊(cè)商標(biāo)的保護(hù)范圍僅限于歐盟28國(guó)境內(nèi)，而且有可能縮減為27國(guó)，但相對(duì)而言，申請(qǐng)流程較為簡(jiǎn)單方便，所需時(shí)間較短，申請(qǐng)商標(biāo)可以很快獲得核準(zhǔn)注冊(cè)保護(hù)，且救濟(jì)途徑統(tǒng)一，有利于商標(biāo)權(quán)利保護(hù)。